Viriforms—A New Category of Classifiable Virus-Derived Genetic Elements

Abstract

The International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) recently accepted viriforms as a new polyphyletic category of classifiable virus-derived genetic elements, juxtaposed to the polyphyletic virus, viroid, and satellite nucleic acid categories. Viriforms are endogenized former viruses that have been exapted by their cellular hosts to fulfill functions important for the host’s life cycle. While morphologically resembling virions, particles made by viriforms do not package the viriform genomes but instead transport host genetic material. Known viriforms are highly diverse: members of family Polydnaviriformidae (former Polydnaviridae) have thus far been found exclusively in the genomes of braconid and ichneumonid parasitoid wasps, whereas the completely unrelated gene transfer agents (GTAs) are widely distributed among prokaryotes. In addition, recent discoveries likely extend viriforms to mammalian genomes. Here, we briefly outline the properties of these viriform groups and the first accepted and proposed ICTV frameworks for viriform classification.

VITAP: A High Precision Tool for DNA and RNA Viral Classification Based On Meta-omic Data

“…These exogenous sequences do not reflect the bona fide taxonomic information of the viruses and can lead to abnormal results when present in short sequences. For instance, some genetic elements of head-tail viral ORFs and cellular gene transfer agents (GTAs) share a common origin 60,61,83 ; there are widespread HGTs between giant viruses 12,78 . Thirdly, the boundaries between viral lineages are not always clear.…”

Bacteriophages

“…Abedon, успешные случаи фаготерапии характеризуются более гибким (и порой более агрессивным) экспериментированием с путями доставки, кратностью и длительностью применения фаголизатов, что также «противоречит» каноническим подходам к проведению доклинических и клинических экспериментов [12] Отнесение вируса к одной из форм МГЭ неизбежно должно повлечь за собой и пересмотр того, что называется его жизненным циклом, который следует рассматривать не как уникальное явление, а в более широком контексте жизненных циклов генетических репликантов во всех их разнообразных формах. Действительно, если мы признаем, что МГЭ, находящиеся на разных стадиях своего распада, составляют основной объем генетического материала в живых организмах, в т. ч. в таких сложных многоклеточных, как растения и животные, то должно формироваться отличное от прежнего понимание законов движения мобильного генетического материала [18]. Если антропоморфное представление о вирусе и его жизненном цикле как клеточном паразите было доминирующим и весьма удобным с практической точки зрения (в первую очередь, с медицинской), то сегодня, при огромном разнообразии форм МГЭ, необходимо двигаться в сторону общего для всех генетических репликантов понимания законов их движения между формами жизни и их роли в эволюции этих форм.…”

Amazing structural diversity of giant virus-like particles in forest soil

“…Among the most recognizable virus structures are head-and-tail bacteriophages and accordingly, we are confident that VLPs with isometric or prolate heads and thin, tubular tails probably correspond to viruses of the class Caudoviricetes. Gene transfer agents (viriforms) have appearances similar to siphoviruses, but their head diameter is typically below 40 nm and thus smaller than most tailed bacteriophages [37][38][39] .…”