Vpliv glivnih in rastlinskih sekundarnih metabolitov na verižno reakcijo s polimerazo (PCR)

Abstract

25 UVOD INTRODUCTIONSekundarni metaboliti so vse tiste organske spojine, ki niso neposredno vpletene v normalno rast, razvoj in razmnoževanje organizma (Fraenkel, 1959). Pogosto imajo izjemne fiziološke aktivnosti (Keller in sod., 2005), nimajo pa splošno prepoznane neposredne vloge v procesih fotosinteze, dihanja, transporta raztopin, premestitev, sinteze beljakovin, asimilacije hranil, diferenciacije ali izgradnje ogljikovih hidratov in lipidov (Teiz in Zeiger, 2002). V rastlinah so veči-noma v vlogi obrambnih (pred rastlinojedi, mikrobi, IZVLEČEKSekundarni metaboliti so organske spojine, ki jih najdemo pri glivah in rastlinah, kjer imajo vlogo obrambnih in signalnih molekul ali zagotavljajo druge selekcijske prednosti, niso pa neposredno vpleteni v rast, razvoj in razmnoževanje organizma. Pri delu s tehnikami DNA so pogosto ravno sekundarni metaboliti tisti, ki posredno ali neposredno vplivajo na uspešnost verižne reakcije s polimerazo (PCR) ali reverezno transkriptazo, in sicer tako, da otežujejo celično lizo, povzročajo razpad nukleinskih kislin ali neposredno ovirajo delovanje encima polimeraze pri pomnoževanju tarčne DNK. Glavna ovira pri aplikaciji tehnike PCR v rutinski diagnostiki je priprava visokokvalitetne DNA brez inhibitorjev. Še posebej to velja pri izolaciji DNA iz lesnatih rastlin (Minafra in sod., 1992) in vzorcev tal (Tsai in Olson, 1991). Večina standardnih postopkov izolacije nukleinskih kislin ne odstrani rastlinskih polisaharidov in polifenolnih komponent, ki imajo lahko neposreden vpliv na pomnoževanje s PCR (Demeke in Adams, 1992). Poskusi za premostitev tovrstnih ovir vključujejo bolj dovršene metode za izolacijo nukleinskih kislin in PCR, ki vključujejo uporabo pospeševalcev PCR za odstranitev ali zmanjšanje vpliva inhibitorjev PCR. Ta pregled je osredotočen na pristope za odstranitev ali zmanjšanje vplivov rastlinskih in glivnih sekundarnih metabolitov iz vzorcev tal, različnih rastlinskih tkiv in razkrojenega lesa zaradi pomena tovrstnih raziskav za gozdarstvo in lesarstvo.Ključne besede: sekundarni metaboliti, izolacija DNA, pomnoževanje DNA, verižna reakcija s polimerazo (PCR), inhibicija PCR, pospeševalci PCR ABSTRACTSecondary metabolites are organic compounds that can be found in both fungi and plants, where they play an important role as defensive and signal molecules, or provide other kinds of advantage in natural selection, but are not directly involved in normal growth, development and reproduction of an organism. When working with DNA techniques, it is the secondary metabolites that most often affect the efficiency of polymerase chain reaction (PCR), either by hindering cell lysis, causing decomposition of nucleic acids or by direct inhibition of DNA-polymerase or reverse transcriptase amplification. The main limiting factor in the application of the PCR technique in routine diagnosis is the preparation of good quality nucleic acids isolates, free of PCR inhibitors. This is especially true in the case of woody plants (Minafra et al., 1992) and soil samples (Tsai and Ols...

Spoznajmo laški smilj

“…Kljub raznolikosti spojin, pa je vsem terpenoidom skupno, da nastajajo z združevanjem 5C izoprenske enote C 5 H 8 . Glede na število izoprenskih enot ločimo hemiterpene (1 enota C 5 ), monoterpene (2 enoti C 10 ), seskviterpene (3 enote C 15 ), diterpene (4 enote C 20 ), triterpene (6 enot C 30 ), tetraterpene (8 enot) in politerpene (10 enot ali več) (Thaler in Bajc, 2013). Terpenoidni metaboliti sodelujejo v skoraj vseh osnovnih rastlinskih procesih, med tem ko novejše raziskave odkrivajo še druge funkcije terpenoidov v rastlinah.…”