Introducción: Desde mediados del siglo XX el estuario del Golfo de Nicoya (10o N – 85o W) ha sido la fuente principal de numerosos recursos pesqueros, como los moluscos, crustáceos y peces. En estuario está actualmente bajo impactos crecientes locales, regionales y globales. Las expediciones a bordo de los buques científicos Skimmer (1979-1980) y Víctor Hensen (1993-1994) aportaron datos multidisciplinarios en apoyo de políticas de manejo. Sin embargo, actualmente se necesita información actualizada. Objetivos: Actualizar las listas publicadas de peces colectados en ambas expediciones y sugerir nuevas áreas de investigación para una futura evaluación del estado del ecosistema. Métodos: En el buque Skimmer las capturas de peces cubrieron un ámbito de profundidad de 10 a 50 m, con una red tipo otter. En el buque V. Hensen las capturas se hicieron entre 10 y 240 m de profundidad, con redes tipo otter y beam. En ambos cruceros se hizo a bordo la identificación de las especies y la medición de sus longitudes totales. Para actualizar las listas de especies se procedió a la verificación de los nombres vigentes con base en literatura reciente y la página World Register of Marine Species (WORMS). Agregamos a la lista los nombres de las especies identificadas en años recientes para el estuario y catalogados en la Colección Ictiológica del Museo de Zoología, Universidad de Costa Rica. Resultados: El total de especies identificadas es 275 para ambos buques, de las que 13 corresponden a peces cartilaginosos y 262 a peces óseos. Diecisiete especies fueron identificadas después de la publicación de las listas originales y Gymnothorax phalarus fue descrita con base en material del V. Hensen. Las especies presentes en más del 50 % de las 20 estaciones del Skimmer, fueron: Prionotus horrens (16), Sphoeroides trichocephalus (14), Syacium ovale (13) y Synodus scituliceps (13). En las 12 estaciones del V. Hensen, fueron: Porichthys margaritatus (9), S. scituliceps (8), Bollmannia chlamydes (6), Symphurus callopterus (6) y S. evermanni (6). Los cinco peces de mayor longitud capturados por ambos buques, fueron: la raya látigo Hypanus longus (117 cm), el congrio Cynoponticus coniceps (103 cm), el bagre Sciades dowii (87 cm), la raya Narcine brancroftii (80 cm) y la corvina reina Cynoscion albus (75 cm). La longitud total máxima promedio de 137 especies medidas en el Skimmer fue de 26 cm y de 29 cm para las 164 medidas en el V. Hensen. Conclusiones: En vista del incremento del número de usuarios de los recursos estuarinos, es urgente una nueva evaluación multidisciplinaria del ecosistema en apoyo a la propuesta de nuevas políticas de manejo. Los resultados facilitarían actualizar el Modelo Trófico del Golfo de Nicoya, una herramienta de manejo disponible desde 1998 y basada principalmente en datos obtenidos durante los cruceros del Skimmer y V. Hensen. Tensores del ecosistema, como la extracción de recursos, el ingreso de contaminantes y su posible relación con la disrupción endocrina, así como la presencia de barreras naturales como la hipoxia en la boca del estuario, deben ser incluidos en esa futura evaluación.