La evolución ha producido una gran biodiversidad que proporciona al ser humano bienes esenciales conocidos como opciones de valor de la biodiversidad. Estos recursos son extraídos y empleados para satisfacer necesidades básicas, como la medicina tradicional, resultado de la experiencia y el contacto humano con la naturaleza a través del tiempo. Los saberes tradicionales han sido aprovechados como guía para la bioprospección y los estudios etnobotánicos son el primer paso para visibilizarlos y protegerlos. Se plantea la necesidad de aplicar aproximaciones filogenéticas y su importancia para el desarrollo de la etnobotánica en México, así como su impacto en el descubrimiento, aprovechamiento y conservación de recursos medicinales para el bienestar humano. Esta aproximación, que revelan la historia evolutiva de las especies, puede fortalecer la bioprospección, ya que señala especies emparentadas que pudieran llegar a producir sustancias químicas útiles. Esta nueva aproximación resulta relevante para la biotecnología y resalta la importancia de la conservación del patrimonio biocultural.