Con el propósito de determinar la biomasa y la composición del fitoplancton (picofitoplancton, nanodiatomeas y microdiatomeas) bajo condiciones oligotróficas, se realizó un estudio en la capa superficial de la cuenca de Guaymas, golfo de California, durante el verano tardío de 2016. El estudio contempló la medición de variables hidrográficas, químicas y biológicas en la capa superficial del área de estudio. Nuestros resultados mostraron una columna de agua cálida, fuertemente estratificada, empobrecida en nutrientes y con biomasas fitoplanctónicas reducidas (<1 mg Cla·m–3). Los cocientes promedio de N:P (0.55 ± 1.34), N:Si (0.13 ± 0.18) y Fe:N (52.70 ± 29.70) indicaron condiciones de limitación por N. La contribución de los grupos fitoplanctónicos a la biomasa fluctuó ampliamente por nivel de profundidad, y se observó el predominio del picofitoplancton (85.0 ± 2.7%) en superficie (5 m) y de las nano-microdiatomeas (91.5 ± 5.9%) en el nivel más profundo (35-40 m), adyacente a la termoclina. Las diatomeas dominaron la biomasa integrada entre la superficie y 50 m de profundidad, con una contribución promedio ~6 veces mayor que la del picofitoplancton. A pesar de que se registraron condiciones ideales para la proliferación de cianobacterias diazótrofas, la presencia de Trichodesmium spp. y Richelia intracellularis fue muy irregular y en abundancias relativamente bajas (2,220 ± 1,575 célula·L–1). Nuestros resultados son especialmente relevantes, ya que sugieren que, bajo condiciones de limitación por N, el paradigma de la alta biomasa y dominancia de células grandes en el golfo de California puede verse desafiado durante la temporada de verano.