El área agrícola de la cuenca del río San Pedro en Nayarit es una llanura costera con suelos de origen aluvial, sometidos a inundación, deposición y a diferentes procesos que controlan el aporte de nutrientes y la fertilidad del suelo. El objetivo de esta investigación fue evaluar las propiedades de los suelos para diagnosticar la fertilidad y determinar el índice de calidad del suelo, tomando como parámetros pH, MO, N, P, K, CIC, Ca y Mg. Se realizaron muestreos a 30 cm de profundidad en 38 sitios en junio de 2017 y en 45 en 2018. Se midió pH, CE, textura, Da, CO, MO, N inorgánico, P, CIC y bases intercambiables. Los valores promedio, máximo y mínimo fueron pH 5.78, 8.15 y 3.28; MO 1.58, 3.02 y 0.65%; N inorgánico 22.5, 43.6 y 3.5 mg kg-1; P Olsen 32.5, 67.4 y 1.4 mg kg‑1; K 0.45, 0.80 y 0.10 cmolc kg-1, respectivamente. La CE promedio fue 1.39 dS m-1 e indica que no existen problemas de salinidad. El 73% de los sitios fueron de textura arenosa a franco. El índice de calidad del suelo (SQI por su nombre en inglés) indica que la cuenca tiene un nivel de fertilidad medio, SQI promedio de 0.64; el 17% de los sitios tuvieron una fertilidad baja con pH entre 3.28-5.40, MO 0.81-1.20%, N 10-20 y P 5-10 mg kg-1; 42% media, pH 6.41-7.30, MO 2.01‑2.50, N 40-60 y P 15-20 mg kg-1; 36% moderadamente alta, y 5% alta con pH 8.20-8.80, MO 3.01-4.00, N 100-150 y P 25-35 mg kg-1. La distribución del SQI demuestra que en la llanura superior los suelos son de fertilidad baja a media, en la llanura intermedia y baja son de fertilidad media a alta, y en las partes de menor altura, la fertilidad está limitada por la interacción entre el sistema continental y el marino que salinizan los suelos.