A fish survey in 35 stream reaches (from 1 st to 3 rd order) with physicochemical and habitat assessment in the São José dos Dourados system, southeastern Brazil, was conducted. Most of the basin land cover (77.4%) is used for pasture. From the sampled stream reaches, 24 were of good physicochemical quality, 10 of fair quality, and only one of poor quality. A habitat assessment showed that 10 stream reaches were considered fair, 22 were poor, and 3 were very poor. Fifty species were collected and their abundances showed strong correlation with habitat descriptors. In addition to the correlation between fish abundance and habitat, some species also showed optimal distribution related to the degree of physical habitat conservation. Streams located in this region experience organic pollution, but the most important aspect is the decline of the instream physical habitat condition, especially in first order streams, which negatively affects coarse substrates and water column dependent fish species. Effluent control, riparian vegetation restoration programs, siltation control and adequate sustainable soil use are practices which could mitigate such impacts. Keywords: Upper Paraná, integrity, physicochemical, conservation, indices. RESUMOIctiofauna de riachos, qualidade da água e do hábitat em uma bacia hidrográfica dominada por pastagens, Sudeste do Brasil A ictiofauna de 35 trechos de riachos (de 1ª a 3ª ordem) no sistema do Rio São José dos Dourados, Sudeste do Brasil, foi estudada juntamente com a avaliação físico-química e física do hábitat. Na região estudada, 77,4% do solo é utilizado para pastagens. Quanto à avaliação físico-química da água, 24 trechos foram classificados como bons, 10 como regulares e um como pobre; quanto à avaliação física do hábitat, 10 foram considerados regulares, 22 como pobres e 3 como muito pobres. Cinqüenta espécies foram coletadas e suas abundâncias apresentaram forte correlação com descritores do hábitat. Em adição a esta correlação, observou-se que algumas espécies também demonstraram sua distribuição ótima coincidente com o grau de conservação do hábitat físico. Os riachos dessa região estão expostos a impactos provenientes de poluição orgânica, mas especialmente pequenos riachos de primeira ordem estão seriamente afetados pela perda de qualidade física do hábitat, que, negativamente, afeta tanto espécies de peixes dependentes de substratos rochosos como espécies que exploram a coluna d'água. Controle da entrada de efluentes, programas adequados de restauração da vegetação ripária, controle do aporte de sedimento e uso adequado e sustentável do solo são práticas que podem mitigar tais impactos. Palavras-chave: Alto Paraná, integridade, físico-químico, conservação, índices.