RESUMOObjetivo: O objetivo desse trabalho foi caracterizar e comparar o perfil genético de dois modelos de epilepsia em roedores (Wistar Audiogenic Rat -WAR e generalized epilepsy with absence seizures -GEAS) através da análise da expressão gênica em larga escala. Métodos: Para a análise do perfil de expressão gênica foi utilizada a técnica de microarranjos de DNA (microarray). Resultados: Na linhagem WAR a análise do perfil de expressão mostrou que dentro os genes mais hiperexpressos está o Neurod1, envolvido com o desenvolvimento do ducto coclear. Além desse encontramos também diferenças significativas na expressão dos genes Apbb1, Foxg1 e Scn1A. Já nos animais GEAS os genes com maior expressão diferencial foram àqueles relacionados com o desenvolvimento do sistema nervoso central, além de genes envolvidos com a via da MAPK, fatores de transcrição, migração neuronal e apoptose. Conclusão: Esta análise pode ajudar a esclarecer o mecanismo molecular subjacente que leva a predisposição a crises nesses animais. Até o momento, nossos resultados apontam para a ativação de vias moleculares distintas em ambos os modelos.Unitermos: Rato Wistar audiogênico, microarranjos, modelos animais. ABSTRACT Gene expression profiling in genetic animal models of provide elements to unveil the molecular mechanisms underlying epileptogenesis in rodentsObjective: The objective of this study was to characterize and compare the genetic profile of two rodent models of epilepsy (Wistar Audiogenic Rat -WAR and rats with generalized epilepsy with absence seizures-GEAS) using gene expression analysis Methods: We used microarray technology for gene expression analysis. Results: The analysis of gene expression profiles in WAR showed among genes up-regulated Neurod1, involved in the development of the cochlear duct. In addition, we found significant differences in gene expression of Apbb1, Foxg1 and Scn1A. GEAS rats had differentially expressed genes related to the development of central nervous system, as well as genes involved in the MAPK pathway, transcription factors, neuronal migration and apoptosis. Conclusion: This study may help to clarify the underlying molecular mechanism that leads to the predisposition to seizures in these animals. Our results indicate the activation of distinct molecular pathways in both models.