Produktivitas tanaman cabai masih terusik dengan keberadaan berbagai golongan patogen. Pengendalian tiap patogen dapat berbeda. Untuk mengetahui metode pengendalian yang tepat, terlebih dahulu perlu diketahui patogen yang menginfeksi tanaman tersebut. Untuk mengetahui patogen yang terinfeksi, terlebih dahulu dilakukan survey dan pengambilan sampel. Pengambilan sampel dilakukan di lahan budidaya cabai milik petani Kelurahan Juata Laut Kecamatan Tarakan Utara dan Laboratorium Perlindungan Tanaman Universitas Borneo Tarakan. Survei dilakukan untuk mengetahui insidensi penyakit tanaman. Sementara untuk mengetahui patogen dari golongan cendawan dapat menggunakan metode direct plating method yang diawali pembersihan permukaan buah dan daun melalui pencucian menggunakan NaOCl 1% dan alkohol 70%, kemudian dibilas dengan akuades steril. Daun dan buah kemudian dikeringkan menggunakan kertas saring steril. Daun dan buah dipotong dengan ukuran 1 cm2 dengan komposisi 50% bagian yang sehat dan 50% bagian yang sakit. Potongan – potongan ini kemudian diletakkan sebanyak 4 bagian dalam satu cawan petri berisi media potato dextrose agar (PDA). Keberhasilan proses sterilisasi permukaan dapat diyakini dengan menuangkan 0,1 ml akuades steril bilasan pada media PDA menggunakan mikropipet. Bagian tanaman dan akuades yang ditanam pada media PDA diinkubasi selama 7 hari. Cendawan yang tumbuh pada jaringan tanaman dimurnikan selanjutnya diamati dan diidentifikasi berdasarkan kriteria morfologi koloni pada medium PDA dan morfologi konidia di bawah mikroskop setelah 3 hari. Hasil survei dan identifikasi menunjukkan insidensi penyakit yang terjadi disebabkan Fusarium oxysporum adalah sebesar 3,93% dan Colletotrichum sebesar 85,38%.Kata kunci: cabai, cendawan, insidensi, mikroskopis, perbatasan