Introducción: El desgaste profesional conocido como burnout es un trastorno que sin lugar a duda afecta al personal de salud entre los cuales están los médicos que brindaron su contingente en primera línea durante la pandemia por SARS- CoV- 2, esto repercutió directamente en su calidad de vida y en la atención al paciente. En los médicos de Atención Primaria existen ciertas singularidades cuyas demandas físicas y emocionales los hacen más susceptibles a padecerlo. Objetivo: Determinar el desgaste profesional en médicos de Atención Primaria, durante la emergencia Sanitaria por SARS- CoV- 2. Materiales y métodos: Estudio observacional descriptivo, transversal, con enfoque cuantitativo, en los médicos que laboraron en el Distrito de Salud Ambato 18D02, Zona 3, Ecuador, durante la emergencia sanitaria debido a la pandemia por SARS- CoV- 2, a quienes se realizó la aplicación de una encuesta virtual recopilando datos demográficos, exposición a SARS- CoV- 2 y el cuestionario Maslach Burnout Inventary (MBI).Resultados: Se incluyó un total de 129 participantes (n: 129) de los cuales, el 13% presentaron síndrome de desgaste laboral, con mayor afectación en la subescala cansancio emocional, de predomino en el sexo masculino. Sin embargo, se identificó riesgo de padecer este síndrome en el 30% de todos los profesionales. Conclusiones: Existe un nivel significativo de agotamiento entre los médicos de Atención Primaria y considerable porcentaje de profesionales en riesgo, en quienes es necesario realizar intervención temprana para prevenir el desgaste profesional, se necesitan más investigaciones para estudiar el problema en este nivel