Antecedentes: La caries dental tiene una etiología multicausal donde intervienen tres factores primarios: huésped, flora bucal y sustrato sobre el que ésta se desarrolla. El propósito de este trabajo fue conocer la asociación entre la presencia de microorganismos y la capacidad amortiguadora de la saliva con la presencia de caries. Método: Se realizó una exploración clínica de la cavidad bucal y se tomó una muestra de saliva en una población de niños de 5 a 13 años de edad de cuatro escuelas primarias privadas de la delegación Venustiano Carranza, Distrito Federal, México. Se calcularon dos tipos de índices y se desarrollaron tres pruebas microbiológicas. Resultados: La prevalencia de caries fue 86.6%; se encontró un índice de dientes permanentes cariados, perdidos y obturados de 1.3 y un índice de dientes temporales cariados, con extracción indicada y obturados de 2.7; 40% de la población presentó una infección alta por Streptococcus mutans; 35% presentó una infección severa de Lactobacillus sp y 69% presentó una capacidad amortiguadora media. Conclusiones: Existe una relación entre la presencia de caries y un incremento en el número de colonias de S. mutans y Lactobacillus sp. aunado a una capacidad amortiguadora baja.