The diversity of endophytic filamentous fungi from leaves of transgenic imidazolinone-tolerant sugarcane plants and its isoline was evaluated by cultivation followed by amplified rDNA restriction analysis (ARDRA) of randomly selected strains. Transgenic and non-transgenic cultivars and their crop management (herbicide application or manual weed control) were used to assess the possible non-target effects of genetically modified sugarcane on the fungal endophytic community. A total of 14 ARDRA haplotypes were identified in the endophytic community of sugarcane. Internal transcribed spacer (ITS) sequencing revealed a rich community represented by 12 different families from the Ascomycota phylum. Some isolates had a high sequence similarity with genera that are common endophytes in tropical climates, such as Cladosporium, Epicoccum, Fusarium, Guignardia, Pestalotiopsis and Xylaria. Analysis of molecular variance indicated that fluctuations in fungal population were related to both transgenic plants and herbicide application. While herbicide applications quickly induced transient changes in the fungal community, transgenic plants induced slower changes that were maintained over time. These results represent the first draft on composition of endophytic filamentous fungi associated with sugarcane plants. They are an important step in understanding the possible effects of transgenic plants and their crop management on the fungal endophytic community.

The Alternaria brown spot (ABS) is a disease caused in tangerine plants and its hybrids by the fungusAlternaria alternata f. sp. citri which has been found in Brazil since 2001. Due to the recent occurrence in Brazilian orchards, the epidemiology and genetic variability of this pathogen is still an issue to be addressed. Here it is presented a survey about the genetic variability of this fungus by the characterization of twenty four pathogenic isolates of A. alternata f. sp. citri from citrus plants and four endophytic isolates from mango (one Alternaria tenuissima and three Alternaria arborescens). The application of two molecular markers Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) had revealed the isolates clustering in distinct groups when fingerprintings were analyzed by Principal Components Analysis (PCA). Despite the better assessment of the genetic variability through the AFLP, significant modifications in clusters components were not observed, and only slight shifts in the positioning of isolates LRS 39/3 and 25M were observed in PCA plots. Furthermore, in both analyses, only the isolates from lemon plants revealed to be clustered, differently from the absence of clustering for other hosts or plant tissues. Summarizing, both RAPD and AFLP analyses were both efficient to detect the genetic variability within the population of the pathogenic fungus Alternaria spp., supplying information on the genetic variability of this species as a basis for further studies aiming the disease control.

AGRADECIMENTOSDe todas as etapas da redação de uma tese, o item Agradecimentos é certamente o mais desafiador, pois, embora não dependa de embasamento científico, experimentação e comprovação estatística, é nele que exercitamos a memória para não nos esquecermos de retribuir em palavras a contribuição particular de cada pessoa ou instituição na realização do trabalho. Assim, meus sinceros agradecimentos:Ao Dr. Welington Luiz de Araújo, pela orientação, confiança, apoio e amizade, durante a iniciação científica e todo o doutorado; À Prof a Dr a Aline A. Pizzirani-Kleiner, pela oportunidade de realização do trabalho no Laboratório de Genética de Microrganismos "Prof. João Lúcio de Azevedo" e também pelos ensinamentos, apoio e amizade; Ao Prof. Dr. João Lúcio de Azevedo pelo exemplo profissional, ensinamentos, presença motivadora e valiosas sugestões durante o exame de qualificação; Ao Prof. Dr. Nicholas J. Talbot, por me receber em seu laboratório e me orientar durante o estágio de Doutorado realizado na Universidade de Exeter, Exeter, Inglaterra; Ao Prof. Dr. Christopher R. Thornton, pela co-orientação durante o estágio de Doutorado realizado na Universidade de Exeter, Exeter, Inglaterra; Aos meus pais, Laura e José Luiz, por todo apoio e amor, fundamentais para que eu pudesse desenvolver e concluir este trabalho; À minha querida irmã Priscilla, pela companhia em Piracicaba, pelos momentos divertidos, pelo apoio e amizade incondicionais; Ao meu amor Jorge (Seunomi), pelo carinho, paciência, incentivo e admirável habilidade para embalar e lavar placas de Petri; À minha família, especialmente minha tia Madalena, minha avó Alvina, meus primos Washington e Neide, e a pequena Stephanie, por acreditarem em mim e se orgulharem da minha formação; Aos meus bichinhos de estimação, em especial as gatinhas Ayla e Missy, que me fizeram companhia e que, com suas graças e estripulias, conseguiram me fazer sorrir mesmo nos momentos de grande estresse; À pequena grande amiga Maria Carolina Quecine (µ-cuim), pelo companheirismo e amizade, por me fazer rir com suas quedas frequentes, por ser tão prestativa e por compartilhar momentos difíceis durante toda a graduação e o doutorado; 6 À amiga Manuella Dourado, pela democratização do espaço para as confraternizações do nosso grupo, respondendo aos pedidos de empréstimo da unidade quatro do Condomínio das Antas sempre com sua peculiar doçura; Às queridas amigas que fiz durante esses anos no Laboratório de Genética de Microrganismos "Prof. João Lúcio de Azevedo": Ana Paula Pallu, Andréa Bogas, Fernanda L. S. Sebastianes, Léia C. L. Fávaro, Manuella Dourado, Maria Beatriz Calderan, Marise Suzuki, Michele Silva, Priscilla B. Rossetto, Renata Assis e Sônia N. Minami, pela amizade, boas risadas, e apoio, que vão além das paredes do laboratório; À todos os colegas do Laboratório de Genética de Microrganismos "Prof. João Lúcio de Azevedo", que passaram ou ainda fazem parte, com os quais eu convivi nos últimos dez anos: Adalgisa R. Torres, Andréa Guelfi, Ágata C. H. Giancoli, Aldo Procópio, A...