En la industria avícola, existen diferentes tipos de Escherichia coli patógenos y no patógenos, según los genes asociados a virulencia (VAG) presentes en la bacteria. Sin embargo, los reportes sobre la identificación de los VAG de E. coli en pollos de engorde son limitados, especialmente en comunidades andinas ecuatorianas. El objetivo principal de este estudio consistió en identificar la diversidad genética y la presencia de VAG en cepas de E. coli. Se caracterizaron los VAG en varias granjas de la provincia del Azuay (sur del Ecuador) a partir de 30 aislados de cultivos bacteriológicos provenientes de pollos con signos clínicos de colibacilosis. Se utilizó la técnica de PCR para detectar el gen uspA específico de E. coli e igualmente los VAG que incluyen adhesinas (fimC), exotoxinas (cvaA) y sistemas de captación-transporte de hierro (iucD; chuA; fyuA), en cada aislamiento bacteriano. Se tipificaron molecularmente los E. coli patógenos mediante la evaluación de las secuencias de politrinucleótidos (GTG)5. El 83,33 % de los cultivos presentaron el gen uspA de E. coli. Las frecuencias de VAG positivos fue de 48 % para el gen chuA, 20 % para el gen cvaA, 84 % para el gen fimC, 36 % para el gen fyuA y 56 % para el gen iucD. La evaluación de las secuencias (GTG)5 reveló dos grupos filogenéticos principales de E. coli, los cuales, en su mayoría portan al menos un gen VAG. Estos resultados contribuyen a un diagnóstico preciso de la colibacilosis, su control y tratamiento eficaz por parte de los avicultores.