En la actualidad, los municipios se encuentran en una etapa de fortalecimiento institucional abordando diferentes herramientas para la mejora de su gestión. Si bien avanzan en diferentes temáticas, en general las mismas se centran en aspectos de control de legalidad destinadas a cumplimentar las rendiciones de cuentas exigidas. La implementación correcta del control interno en los entes municipales, contribuiría a una mejora de la gestión presentando beneficios tanto para la organización como para la ciudadanía en general. El presente artículo se propone abordar la situación actual del control interno en pequeños municipios a partir del relevamiento y análisis de los municipios de segunda categoría de la provincia de Misiones, Argentina, de modo de conocer a través de un relevamiento mediante encuestas a los contadores municipales, qué actividades se desarrollan en la materia en estos entes y realizar un análisis de diferentes aspectos que podrían ser mejorados a la luz de las buenas prácticas de este tipo de control. Se toma como unidad de análisis a estos municipios puesto que al ser pequeños y contar con una reducida estructura administrativa, permiten conocer la realidad de los pequeños municipios del país, siendo las conclusiones a las que se arriba aplicables a estos últimos.