Objetivo Determinar la prevalencia de Chlamydia trachomatis (CT), virus herpes simple-2 (VHS-2) y N. gonorrhoeae (NG) y los factores de riesgo relacionados con la infección, en un grupo de estudiantes universitarios de la ciudad de Medellín. Metodología Se realizó un estudio descriptivo en un grupo de 323 estudiantes universitarios. A través de un formulario en línea, se realizó el reporte de los factores de riesgo y síntomas relacionados con infecciones de transmisión sexual (ITS) y luego se determinó la presencia de anticuerpos IgG y IgM para CT y VHS-2 y se realizó una prueba de PCR-RT para detectar NG y CT. Resultados La frecuencia de IgG para CT fue del 13% y la positividad para IgM fue del 11,9%. La frecuencia de IgG para VHS-2 fue del 11,8% y la frecuencia de CT y NG por la prueba PCR-RT fue del 1,5% y del 0%, respectivamente. Los factores de riesgo más frecuentes fueron: vida sexual activa en el 96,9%, uso algunas veces o nunca del condón en un 75,2%. Reportaron que tenían secreción genital el 13,6% de los estudiantes; úlceras, el 2,8%; verrugas, el 5,3%; ardor al orinar, el 15,5%; ampollas, el 4,6%, y diagnóstico previo de una ITS, el 18,9% de los estudiantes. Conclusión Se encontró CT y VHS-2 entre los jóvenes estudiados y además una alta frecuencia de factores de riesgo para la adquisición de ITS. Se recomienda mejorar las campañas de prevención y diagnóstico de las ITS en los jóvenes universitarios.