El presente estudio se realizó en dos lagos de importancia ecoturistica, el lago del Jardín Borda (JB) y el lago del Parque Alameda Solidaridad (PAS), en el municipio de Cuernavaca, Morelos, México. Se estableció una sola localidad en cada lago y se realizaron muestreos mensuales de noviembre 2014 a mayo 2015. La comunidad zooplanctónica estuvo constituida por 16 especies (12 rotíferos, dos copépodos y dos cladóceros): el lago JB registró solamente 10 especies y el lago PAS 11 especies, con siete especies comunes para ambos lagos. El análisis de redundancia (RDA) en JB pondera al zooplancton con el pH y la alcalinidad, mientras que en el lago PAS se relaciona el zooplancton con la temperatura del agua, oxígeno disuelto, transparencia y pH en la temporada de estiaje frío. La estructura de la comunidad se pudiera utilizar como bioindicador de la evaluación de la calidad del agua, mientras que sus cambios a largo plazo deben ser monitoreados.