Objetivo el objetivo de este estudio fue describir la prevalencia de 6 géneros de bacterias y 7 Phyla más comunes de la microbiota intestinal (MI) en las muestras fecales de niños menores de 5 años con gastroenteritis infecciosa aguda (GIA) y los patrones clínicos y demográficos poblacionales. Materiales y métodos: se analizó la base de datos de un estudio en donde las muestras fueron obtenidas en niños menores de 5 años hospitalizados con gastroenteritis aguda infecciosa en el “Hospital Docente de Cajamarca” al norte del Perú. Las variables cuantitativas fueron descritas en frecuencias y porcentajes de cada grupo usando el GraphPad Prism3 statistical (Graph Pad Software Inc., San Diego, USA). Resultados: las bacterias aisladas más comunes de la MI fueron Firmicutes (74/117) Bacteriodetes (73/117), Lactobacillus (70/117), Prevotella (67/117) Proteobacterium (63/117), sin tomar en cuenta el agente etiológico responsable de la GIA. Sin embargo, a pesar de la alta prevalencia de Firmicutes, Bacteroidetes, Lactobacillus y Prevotella en todas las muestras, observandose una notable reducción de éstos, especialmente entre los pacientes con una infección bateriana a comparación de las infecciones virales. Los pacientes con lactancia materna exclusiva o mixta denotaron mayor cantidad de bacterias en la MI a comparación de aquellos que recibieron fórmula o no recibieron. Conclusiones A pesar de que en este estudio solo se realizó la detección de algunas bacterias patógenas mediante un método cualitativo, se debe tener en cuenta que existen cambios notorios en la microbiota intestinal, ya sea que se curse con una infección viral o bacteriana.