Os objetivos deste estudo foram de avaliar a qualidade técnica de laboratórios públicos e conveniados ao Sistema Único de Saúde (SUS) que fazem baciloscopia da tuberculose (TB) e de apresentar os dados do Controle de Qualidade Externo (CQE) realizado na rede de laboratórios de TB do estado de São Paulo, Brasil. Neste contexto, foi realizado o estudo descritivo retrospectivo do CQE de 198 laboratórios supervisionados no biênio 2009-2010. A concordância entre os resultados das baciloscopias executadas nos laboratórios supervisionados e de supervisores foi de 99,4 %; e as porcentagens relativas de resultados falso-positivos e falsonegativos foram, respectivamente, de 1,9 % e 0,4 %. A comparação entre a qualidade dos esfregaços realizados por laboratórios públicos e conveniados mostrou que os públicos apresentaram qualidade superior (valor-p<0,05). Este estudo mostrou que 74,2 % dos laboratórios foram aprovados no CQE; e o desempenho dos laboratórios conveniados foi inferior ao dos públicos. Estes dados reforçam a importância de manter programa de CQE de baciloscopia e de capacitação dos profissionais, considerando-se ser este um exame diagnóstico muito utilizado e relevante no país.Palavras-chave. controle de qualidade, tuberculose pulmonar, microscopia.