Introducción: obesidad e inactividad física son importantes factores de riesgo para el desarrollo de hipertensión en adultos. No obstante, hay poca evidencia sobre el efecto de estos factores de riesgo en el desarrollo de hipertensión en población infantil. Objetivo: investigar la asociación del estado nutricional, niveles de actividad física y etnicidad con niveles de hipertensión en escolares entre 6 y 13 años de edad. Métodos: un total de 418 escolares de ascendencia étnica europea (n = 311) y mapuche (n = 107) fueron participantes de este estudio transversal. Se midió el peso, talla, índice de masa corporal (IMC) y presión arterial, utilizando protocolos estandarizados. Resultados: no se encontraron diferencias significativas en IMC, estado nutricional y presión arterial entre niños con ascendencia europea y mapuche. No obstante, la prevalencia de prehipertensión (21,3% vs. 11,1%) e hipertensión (28,9% vs. 18,6%) fue significativamente mayor en escolares mapuches en comparación con europeos, respectivamente. Escolares con ascendencia mapuche tienen un mayor riesgo de desarrollar prehipertensión o hipertensión que escolares con ascendencia europea (OR: 1,92 [1,19 a 3,06], p < 0,01). La prevalencia de hipertensión aumenta significativamente en ambos grupos étnicos con el incremento de IMC y bajos niveles de actividad física. Conclusiones: el riesgo de desarrollar prehipertensión o hipertensión es mayor en población infantil ascendiente de mapuches que ascendiente de europeos y este riesgo se ve acentuado con el incremento de obesidad y bajos niveles de actividad física.