Xylella fastidiosa is a xylem-inhabiting phytopathogenic bacterium that affects diverse agriculturally relevant crops. In Mexico, X. fastidiosa has been reported in the states of Baja California, Coahuila, and Querétaro. In order to determine the genetic diversity of this bacterium in Mexico, 408 grapevine samples were collected from the main producing states in México. For X. fastidiosa identification, real-time PCR and three-loci end-point PCR were employed. The genotyping of the subspecies was carried out using multilocus sequence typing and analysis, based on seven housekeeping genes: leuA, petC, malF, cysG, holC, nuoL, and gltT. The resulting sequences were compared with those present in extant databases. The presence of X. fastidiosa subsp. fastidiosa in the states of Baja California (sequence type 1), Coahuila (sequence type 1), and Querétaro was confirmed. The isolates from northern Mexico bear high similarity to grapevine isolates from the United States. However, the isolates from Querétaro showed significant differences with currently known sequences, showing that there is genetic variability among the X. fastidiosa subsp. fastidiosa populations from grapevines in northern and central Mexico.

Xylella fastidiosa es una bacteria Gram negativa que infecta plantaciones de vid (Vitis vinifera L.) en el municipio de Parras, Coahuila, México. La presente investigación tuvo como objetivo identificar la subespecie de X. fastidiosa y determinar su asociación con diferentes especies de plantas cultivadas y silvestres en el municipio. Durante el verano y otoño de 2018 se obtuvieron, en dos predios del municipio de Parras, 83 muestras procedentes de árboles frutales (n = 36), incluyendo vid, árboles forestales (n = 4), plantas ornamentales (n = 2) y plantas silvestres (n = 41). Para la identificación de la bacteria se amplificaron por PCR secuencias parciales de los genes gyrB, HL y 16S rRNA, así como de los genes de mantenimiento (MLST) leuA, petC, malF, cysG, holC, nuoL y gltT, además del gen de adherencia a superficies pilU. La reconstrucción filogenética mostró que las secuencias amplificadas correspondieron a X. fastidiosa subsp. fastidiosa. El clado X. fastidiosa subsp. fastidiosa mostró que las secuencias concatenadas de los genes MLST se agruparon con las secuencias ST1, ST2 y ST3, y las del gen pilU con la secuencia ST1. Los resultados confirmaron la presencia de X. fastidiosa subsp. fastidiosa en las especies cultivadas de Carya sp., Cydonia sp., Ficus carica, Olea europaea y V. vinifera, y en las especies silvestres Celtis pallida, Baccharis sp., Phragmites sp. y Rubus sp. Sólo en Cydonia sp., O. europaea, Phragmites sp. y V. vinifera se registró síntoma de escaldadura en las hojas, característico de X. fastidiosa. Los resultados indican que en el municipio de Parras, Coahuila se presentan infecciones recurrentes que representan una fuente de inóculo de la bacteria para los viñedos, principal cultivo de la región. Este es el primer reporte de X. fastidiosa subsp. fastidiosa en Cydonia sp., la cual se propone como nuevo hospedante de la bacteria.