La carencia de una regulación sobre las plantas medicinales y el escaso control de calidad dado en Costa Rica ponen en riesgo la salud de la población. El objetivo del presente trabajo fue determinar la presencia de adulterantes en manzanilla (Matricaria chamomilla) y juanilama (Lippia alba) de venta a granel en mercados de San José, Heredia y Cartago, Costa Rica. Se recolectaron muestras de manzanilla y juanilama en diferentes puntos de venta dentro de los mercados de Cartago, Heredia y San José. Las muestras se analizaron en fresco y a través de los criterios establecidos por la OMS, para el control de calidad de productos herbarios, se estableció la cuantificación de materiales ajenos al producto comerciado como: insectos, mezclas de minerales del suelo, plástico, vidrio y moho. Los resultados fueron analizados con Excel 2010 y el programa estadístico IBM SPSS 22. En mercados de Heredia y San José se venden productos que no corresponden a la especie terapéutica ofrecida. La manzanilla es vendida principalmente en condiciones frescas, mientras que la juanilama varía su condición dependiendo del mercado. Hubo presencia de adulterantes, como insectos, tierra, plásticos y mohos, en las plantas de manzanilla y juanilama de venta en las provincias de Cartago, Heredia y San José.