Resumo O estudo visou comparar escores de ansiedade e depressão em profissionais da saúde em atendimento remoto ou presencial em um hospital universitário brasileiro durante a pandemia de Covid-19 e identificar fatores associados à ansiedade e à depressão. Para tanto, realizou-se um estudo observacional e transversal. Os participantes responderam aos protocolos Patient Health Questionnaire-9 e General Anxiety Disorder-7, além de um questionário sociodemográfico, e foram divididos em três grupos: profissionais da telessaúde (G1), profissionais que exercem de maneira presencial (G2) e profissionais que exercem de ambas as formas (G3). Participaram 159 profissionais da saúde, sendo 36 homens e 123 mulheres, a maioria de enfermeiros, com a média de idade de 42 anos. Os participantes do G2 apresentaram maiores escores de ansiedade e depressão quando comparados aos demais. No entanto, não houve diferenças e associações estatísticas significantes entre esses grupos (p>0,05). ‘Idade’, ‘tipo de profissão’ e ‘receber diagnóstico de Covid-19’ tiveram associações estatísticas com ansiedade e depressão. Concluiu-se que não houve diferença significante entre ansiedade e depressão em profissionais da saúde que trabalham de forma remota ou presencial, assim como não houve associações entre os protocolos e os grupos. ‘Idade’ ‘profissão’ e ‘receber diagnóstico de Covid-19’ podem interferir nesses escores.