A adoção de um sistema de custos por parte da administração pública faz-se impositiva pela legislação brasileira. Assim, esta pesquisa investigou os desafios e limitações enfrentados durante a implantação do Sistema de Informação de Custos (SIC) na Prefeitura Municipal de Fortaleza (PMF). Foi aplicado um questionário junto aos gestores e técnicos que participaram da implantação do SIC na PMF. Os resultados indicam que a integração e a customização dos sistemas e os aspectos relativos às estruturas organizacionais são os principais desafios da PMF, enquanto as principais limitações à implantação do SIC relacionam-se ao escopo e à equipe envolvida. A pesquisa amplia as discussões sobre gestão de custos, ao fornecer evidências que auxiliem o processo decisório no setor público.