Objetivo. Determinar la asociación existente entre la aplicación del Programa de Rehabilitación (PR) y el Desempeño Funcional (DF) de pacientes con enfermedad de Parkinson en el Centro Médico Naval “Cirujano Mayor Santiago Távara”. Métodos. Estudio analítico, longitudinal, de cohortes retrospectivo, en 18 meses. Mediante una muestra de 46 pacientes, en dos cohortes, se determinó el desempeño funcional por  dimensiones de actividades básicas (índices de Barthel), fuerza y resistencia (SPPB) y velocidad de marcha. Se usaron cinco valores o categorías para determinar la dependencia, fragilidad y descoordinación. Se determinó la normalidad mediante la prueba Kolmogorov-Smirnov y para el análisis estadístico se empleó la U de Mann- Whitney, donde se consideró significativo un valor de p <0,05. Resultados. El promedio de edad de pacientes fue 79 +/- 3 años (rango: 76-82) de la cohorte expuesta y 72 +/- 3 años (69-75) de la cohorte no expuesta al PR, 33 (71,7 %) fueron varones del total de la muestra. El 54,3 % (25) tuvieron una o más caídas y en el 45,65 % (21) su cuidador era un familiar. Existe asociación directa entre el PR y el DF (p = 0,009) y en sus dimensiones: actividades básicas (p = 0,001), fuerza y resistencia (p=0,001) y velocidad de marcha (p = 0,001). La cohorte o grupo expuesto al PR mejoró en autonomía, independencia, resistencia y equilibrio en relación al grupo no participante del PR. Conclusiones. Existe asociación directa entre el PR y el DF en todas sus dimensiones: actividades básicas, fuerza, resistencia y velocidad de marcha. A mayor duración del PR se observó mejor DF.