Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi jenis – jenis tanaman obat Merapi Farma Herbal yang digunakan dalam pengembangan media pembelajaran, mengetahui kelayakan prototipe aplikasi keanekaragaman obat Merapi Farma Herbal oleh ahli materi, ahli media, praktisi (guru biologi) dan uji keterbacaan prototipe aplikasi oleh peserta didik. Penelitian ini terdiri dari penelitian biologi dan penelitian pendidikan biologi. Penelitian biologi menggunakan jenis penelitian deskriptif kualitatif dengan metode observasi, wawancara dan studi dokumen. Penelitian pendidikan biologi menggunakan jenis penelitian RnD dengan model 4D (Define, Design, Develop, dan Disseminate) namun dalam penelitian ini hanya dibatasi sampai Develop saja. Hasil penelitian menunjukan bahwa terdapat lebih dari 200 spesies tanaman obat, namun dalam penelitian ini hanya digunakan sebanyak 21 spesies tanaman obat yang sudah mewakili seluruh tanaman. Data tersebut kemudian dikembangkan sebagai aplikasi pembelajaran yang disusun untuk dapat meningkatkan kemampuan berpikir analitis. Aplikasi pembelajaran yang disusun dinilai layak oleh ahli materi, ahli media, praktisi (guru biologi) dari segi kebenaran konsep, aspek isi, tampilan, kegrafisan, pemrograman, bahasa, dan berpikir analitis. Aplikasi pembelajaran yang disusun dinilai menarik dan user-friendly (mudah digunakan) oleh peserta didik pada aspek isi, tampilan, pemrograman, bahasa, dan berpikir analitis.

Keanekaragaman merupakan kumpulan seluruh penghuni biosfer yang berhubungan antara satu dengan yang lainnya dan saling mempengaruhi. Keanekaragaman jenis tumbuhan sebagian besar terdapat di hutan tropis khususnya pegunungan. Struktur hutan tropis dapat menciptakan keanekaragaman jenis yang tumbuh didalamnya. Analisis vegetasi tumbuhan di Taman Nasional Gunung Merapi ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman hayati dan mengetahui struktur dan komposisi vegetasi hutan tersebut. Analisi Vegetasi ini mendapatkan hasil yaitu ada 4 habitus yang ada, yaitu lumut-lichen, semak, herba, dan Pohon. Indeks Nilai Penting berfungsi sebagai indikator seberapa penting tumbuhan itu ada di sana. Tumbuhan yang memiliki INP paling tinggi pada habitus masing-masing yaitu Pogonatum sp dengan INP sebesar 203,314% pada habitus Lumut-Lichen. Ageratina repair dengan INP 124,761%. pada habitus Herba , Brachiria mutica dengan INP 141,488% pada habitus Semak dan Syzygium oleina dengan INP 111,333% pada habitus pohon. Tingginya INP menunjukan bahwa spesies tersebut dapat menyesuaikan diri terhadap lingkungan sekitar dibandingkan dengan spesies lainnya.