-Proteomic profiles of sweet whey and rennet casein fractions prepared from raw or pasteurised (72°C for 15 s), skimmed milk were studied by proteomics coupled with the detection of protein spots by MALDI TOF mass spectrometry. Proteins were analysed by a modification of the traditional, two-dimensional gel electrophoresis (2-DGE) method under non-reducing running conditions, which potentially permits the visualisation of disulphide-linked protein complexes formed in response to pasteurisation. Separated proteins were stained with Coomassie blue. The relative spot volumes obtained after 2-DGE of fractions from raw or pasteurised milk were compared. A number of different spots in the rennet casein and sweet whey fractions were found to vary in response to pasteurisation. Some of these represented higher molecular mass complexes that increased in the chymosin-precipitated casein fraction, and they were identified by mass spectrometry to contain α S1 -casein. Certain fragments of α S1 -casein, probably generated as a result of chymosin cleavage, increased in the whey after pasteurisation. The whey content of proteose peptone component 3 (PP3) or lactophorin decreased after pasteurisation, which could indicate increased association of PP3 with for example the milk fat globule membrane after pasteurisation. This shows that gel-based proteome analysis can be used in the characterisation of subtle variations in protein composition of milk fractions that occur as a consequence of pasteurisation.proteome analysis / sweet whey / rennet casein / pasteurisation Article published by EDP SciencesRésumé -Différents profils protéomiques obtenus à partir de lactosérum doux et de caséine présure issus de laits écrémés crus ou traités thermiquement. Les profils protéomiques de fractions obtenus à partir de lactosérum doux et de caséine présure de lait écrémé cru ou pasteurisé (72°C, 15 s) ont été étudiés par des analyses protéomiques couplées à une détection des spots protéiques par spectrométrie de masse MALDI TOF. Les protéines ont été analysées par électro-phorèse sur gel bidimensionnelle (EG-2D) avec une modification de la méthode classique, sous conditions non réductrices, permettant la visualisation des complexes de protéines liées par ponts disulphure formés en réponse à la pasteurisation. Les protéines séparées étaient colorées au bleu de Coomassie. Les volumes relatifs des spots obtenus après EG-2D des fractions obtenues à partir de lait cru ou pasteurisé ont été comparés. Un nombre de spots différents était trouvé dans les fractions de caséine présure et de lactosérum doux en réponse à la pasteurisation. Certains spots représen-taient des complexes de masse moléculaire plus élevée qui augmentaient dans la fraction de caséine obtenue par précipitation due à la chymosine et qui contenaient des caséines alpha S1 identifiées par spectrométrie de masse. Certains fragments de caséine alpha S1, probablement obtenus après clivage par la chymosine, augmentaient dans le lactosérum après pasteurisation. La teneur du lactos...