As ações de assistência terapêutica integral, incluindo farmacêutica, são um direito social previsto na lei do Sistema Único de Saúde (SUS). Este estudo tem por objetivo comparar e avaliar, do ponto de vista do governo federal, se, considerando seus gastos operacionais e estrutura, o Programa de Incentivo à Assistência Farmacêutica Básica – PFB, executado pelas prefeituras municipais de Alagoas, mostra-se ou não mais econômico que a distribuição de medicamentos pelo Programa Farmácia Popular do Brasil - PFPB, executado pela sua Rede Própria – RP (extinta em 2017) e farmácias privadas do Aqui Tem Farmácia Popular – ATFP. O repasse federal para funcionamento do PFB se caracteriza pela ausência de reajustes periódicos, representando um encargo maior a cada ano para os municípios. Em paralelo, os valores de referência do ATFP têm diminuído ao longo dos anos, reduzindo os custos unitários desta modalidade ao governo, ao passo que aumenta a sua demanda de medicamentos e seu orçamento. Considerando os quantitativos dispensados pela rede privada do ATFP em Alagoas, o anti-hipertensivo Losartana Potássica e a Insulina NPH correspondem a cerca de 67% das despesas do ATFP. O estudo conclui que, apesar de estes medicamentos possuírem custos maiores no ATFP, o programa tem se mostrado válido e benéfico à população, e se mostra vantajoso, considerando o horário ampliado de suas farmácias; a baixa disponibilidade de farmacêuticos na rede pública; e a ampliação do número de farmácias credenciadas, do seu rol de medicamentos e do acesso à população aos medicamentos básicos e à atenção farmacêutica. O estudo sugere que os gestores públicos devem rever os valores de alguns medicamentos do ATFP com vistas à sua redução, além de buscar a interligação entre os programas, melhorando o atendimento à população e a utilização dos recursos públicos.