El uso de fertilizantes orgánicos en el Valle del Yaqui tiende a reducir la degradación del suelo en la producción de trigo, sin embargo, todavía no se han evaluado los impactos biológicos de esta práctica en el suelo. El objetivo de este experimento fue cuantificar el impacto del cambio en el manejo del cultivo de trigo, de convencional a orgánico, sobre la reducción de la degradación fúngica del suelo, por medio del análisis de sus poblaciones fúngicas cultivables y su diversidad. La hipótesis fue que la aportación de fertilizantes orgánicos al cultivo de trigo produce cambios positivos en las propiedades fisicoquímicas del suelo, lo cual beneficia a las poblaciones de hongos, y disminuye su degradación. Tres campos comerciales de trigo se seleccionaron con 1) fertilización sintética convencional (SF), 2) fertilización sintética más fertilización orgánica (SF+OF) y 3) sólo fertilización orgánica (OF). Los sitios de estudio bajo OF y SF+OF vs. SF mostraron mayores, contenidos de materia orgánica (1.5, 1.6 vs. 0.45%), población de hongos (1.7x105, 9.1x104 vs. 1.6x104 CFU g-1 de suelo seco) y diversidad (12, 12 vs. 2). Con base en el análisis filogenético, se aislaron 9, 11 y 2 géneros de hongos de los sitios de estudio bajo fertilización orgánica, sintética + orgánica y sintética, respectivamente. La diversidad metabólica de las cepas fúngicas obtenidas mostró que la producción de indoles osciló entre 0.5 y 65.4 μg mL-1; el hongo Stachybotrys sp. TSM35 fue el productor de indoles mayor. La solubilización de fosfatos mayor (21%) se observó en la cepa Talaromyces pinophilus TSO42 y la cepa con producción de sideróforos mayor (33.9%) fue Volutella ciliata TSM43. Además, el 60% de las cepas mostraron riesgos potenciales para la salud (α- o β-hemólisis). La rotación de convencional a orgánico en el cultivo del trigo logró cambios positivos en las propiedades fisicoquímicas del suelo, en la diversidad y características metabólicas de las poblaciones fúngicas cultivable. El control de la calidad microbiológica de los fertilizantes orgánicos se necesita para evitar riesgos microbiológicos en los sistemas agronómicos, causados por la introducción de cepas con potencial patogénico.