El Proyecto del Microbioma Humano analizó y caracterizó a nivel genómico a las comunidades bacterianas asociadas con humanos. Por primera vez se han visualizado las relaciones entre seres humanos y microorganismos así como las variables y parámetros microbiológicos y clínicos que permitirán comprender mejor los trastornos originados por el microbioma. Las interacciones cooperativas entre los microbios y huéspedes implican funciones elementales del hospedero, como la defensa, el metabolismo y la reproducción. La variación de la microbiota del hospedero se debe a la introducción o extinción de grupos microbianos particulares o por cambios en la estructura de su población. Por ejemplo, algunas investigaciones mostraron que la maduración funcional del microbioma intestinal durante los primeros tres años de vida es común en tres poblaciones de diferentes países, e incluyen cambios asociados a la edad con genes bacterianos implicados en la biosíntesis y el metabolismo de las vitaminas. La desaparición, erradicación, desinfección o cualquier termino similar de forma selectiva de la microbiota podría contribuir a muchas de las enfermedades del sistema digestivo, predispondría a la obesidad y sus daños colaterales, favorecería el asma y trastornos relacionados, así como se incrementaría la propagación de epidemias de patógenos de alto riesgo. La futura investigación deberá tratar de aclarar y prevenir estos puntos, pues los fundamentos teóricos indican que los cambios ecológicos que involucren a nuestras microbiotas ancestrales podrían tener el poder de afectar bioquímica, inmunológica, fisiológica y hasta psíquicamente a nuestra salud.