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El volcanismo del Mioceno tardío asociado a la Faja Volcánica Trans-Mexicana modificó las rutas de transporte de sedimento proveniente del relieve del Oligoceno tardío-Mioceno temprano del centro-occidente de México. Se hipotetiza que los materiales de la Sierra Madre Occidental hubiesen llegado a la planicie aluvial del Graben de Puerto Vallarta. La actividad volcánica de la Faja Volcánica Trans-Mexicana al sur de la Sierra Madre Occidental posiblemente generó el cambio en el curso de la descarga de sedimentos provenientes de la Sierra Madre Occidental, hacia la planicie fluvial de Nayarit, a través del río Santiago. Este evento frenó el transporte de sedimentos provenientes de la Sierra Madre Occidental al Graben de Puerto Vallarta y la Bahía de Banderas y aisló una porción de relieve que actualmente corresponde a la cuenca del río Ameca, la cual suministra, hoy en día, los sedimentos que conforman la planicie fluvial del Graben de Puerto Vallarta. La distribución de edades de zircones detríticos del Oligoceno tardío al Mioceno temprano en las desembocaduras de las cuencas Santiago y Ameca, indica que ambas cuencas comparten sedimentos originados en la Sierra Madre Occidental.

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