Characters on hypocotyl dan cotyledon are very potential to be used as effective and efficient morphology markers for some crop plants. However PENDAHULUANCabai dikenal sebagai tanaman menyerbuk sendiri yang umumnya memiliki nilai heterosis yang rendah dan diarahkan untuk menjadi varietas galur murni. Namun, terdapat penelitian yang melaporkan bahwa tanaman cabai memiliki persentase penyerbukan silang alami lebih dari 50% (Campodonico, 1983) dan memiliki nilai heterosis yang tinggi Daryanto et al., 2010;Sitaresmi et al., 2010). Selain itu, lebih dari 80% varietas cabai di Indonesia adalah varietas hibrida bukan varietas