El manzano (Malus domestica Borkh.) es uno de los frutales de clima templado de mayor importancia en México, con 62 000 ha cultivadas en 2003, de las cuales alrededor de 700 se encuentran establecidas en el estado de Querétaro. La anarquía en la introducción de variedades cultivadas e híbridos por parte de los productores y las dependencias de gobierno, ha propiciado el desconocimiento de la identidad algunos de éstos, además, se ignora si los materiales introducidos se encuentran injertados sobre portainjertos clonales resistentes al pulgón lanígero (Eriosoma lanigerum), plaga importante en la región. Con el fin de evaluar la diversidad genética del manzano, se colectaron 65 muestras que incluyen variedades cultivadas, materiales criollos, híbridos y portainjertos de manzano y se analizaron por medio de marcadores moleculares tipo RAPD (ADN polimórfico amplificado al azar). Se seleccionaron 10 oligonucleótidos para el análisis del ADN. Se amplificaron 113 bandas polimórficas y 29 monomórficas. El análisis de conglomerados mostró que la mayor disimilitud entre genotipos fue de 0.71. Las muestras se separaron en dos conglomerados. El primero incluye casi todas las muestras relacionadas con la variedad ‘Golden Delicious’, mientras que el segundo grupo incluye la mayoría de las muestras correspondientes a manzanas rojas y portainjertos clonales. Los resultados indican que la diversidad genética del manzano en la región es importante y que el método RAPD permite agrupar genotipos con características comunes, lo que facilitará la identificación genética de variedades.

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