Resumen: Introducción: los hábitos orales interfieren en el desarrollo de las funciones del sistema estomatognático, relacionándose como un factor etiológico en la aparición de las maloclusiones. Objetivo: Comparar la frecuencia de hábitos orales y su relación con maloclusión en niños de 4 a 12 años de edad en San Luis Potosí - Medellín. Método: Estudio descriptivo transversal, la muestra fue por conveniencia, se revisaron 598 niños de 4 a 12 años de edad, 299 niños en cada ciudad, para el análisis de los datos se elaboró una tabla de contingencia con chi2 utilizando el programa SPSS21. Resultados: El hábito oral más frecuente fue la onicofagia en el total de la muestra y en San Luis Potosí, y la respiración bucal fue más frecuente en Medellín. En San Luis Potosí la mayoría de los niños que presentaban algún hábito tenían relación molar clase I, excepto en la deglución atípica, que presentaron oclusión clase III, siendo esta diferencia estadísticamente significativa. La deglución atípica fue el hábito que se encontró en mayor relación con maloclusiones de forma estadísticamente significativa. Al analizar la relación del tipo de hábito y mordida cruzada posterior en San Luis Potosí se encontró diferencia estadísticamente significativa (p ≤ 0,05) en aquellos pacientes que presentan succión digital (13,9%) Conclusiones: En este estudio la deglución atípica y la mordida abierta están directamente relacionadas, sugiriendo que la función deglutiva puede ser un factor causal de maloclusión, igualmente se encontró una relación positiva entre succión digital y mordida cruzada posterior.