La transmisión bacteriana al ser humano puede vehiculizarse por el agua y ocasionar enfermedades entéricas, por lo que el objetivo de la presente investigación es evaluar la efectividad del uso de diatomeas en la filtración de bacterias hidrotransmisibles. El estudio fue realizado en la Universidad Nacional de Chimborazo, Ecuador, desde octubre de 2019 a marzo de 2020, combinando técnicas de cultivo en agar sangre y agar MacConkey; cuantificación de colonias y filtración frente a tiempo y longitud de filtro. Se utilizaron 120 muestras de diluciones de cepas comerciales de Escherichia coli y Staphylococcus aureus para contaminar el agua de tal forma que se pudiera evidenciar la eficacia de la filtración en diatomeas de distinta procedencia. Los resultados fueron contrastados con los rangos establecidos por la Organización Mundial de la Salud y se realizaron controles positivos y negativos de los medios de cultivo y agua. Las diatomeas de Guayaquil fueron las que indujeron a una mejor filtración del agua frente a las diatomeas de Palmira. Al aplicar el lecho filtrante de 10 cm de diatomeas, se obtuvo un crecimiento de 86 UFC/100ml en 24 horas, mientras que al aumentarse la cantidad del filtro a 20 cm se observó un descenso de la carga bacteriana del agua en 21 UFC/100ml en 10 horas. De acuerdo al rango establecido por la OMS el crecimiento bacteriano disminuyó, lo que indica que los filtros de diatomeas tienen la capacidad de retener bacterias. Por esto, se presume que, al combinarlas con materiales adicionales como carbón activado, su potencial filtrante se incrementaría.