Dalam pelaksanaan proses penggajian di setiap instansi tidak selalu sama, hal tersebut tergantung dengan kondisi dan kesepakatan karyawan dengan instansi tersebut. Sistem penggajian yang tergolong menggunakan sistem manual akan membutuhkan waktu relatif lebih lama dan ketelitian yang sangat mendalam. Salah satu organisasi dalam bidang pendidikan yang menjalankan proses penggajian adalah MTs. Mamba’ul Jadid.  Instansi pendidikan MTs. Mamba’ul Jadid merupakan salah satu madrasah tsanawiyah di bawah naungan Kementrian Agama. Permasalahan yang terjadi pada instansi tersebut adalah belum adanya sistem penggajian yang terkomputerisasi dengan baik. Sistem yang berjalan saat ini menggunakan pendataan dengan Excel dalam perhitungan gaji seluruh karyawan. Untuk mengatasi permasalahan tersebut membutuhkan sebuah sistem informasi penggajian berbasis website. Penelitian ini menggunakan model Waterfall di mana proses perancangan dilakukan secara berurutan untuk pengembangan perangkat lunak. Sistem Informasi dilakukan pengujian dengan Black Box testing dengan hasil akurasi tingkat keberhasilan sistem sebesar 87,5%. Sistem ini dapat memudahkan pihak keuangan dalam perhitungan gaji secara cepat dan akurat, serta pelaporan gaji guru dan karyawan dapat diakses di mana pun dan kapan pun tanpa terhalang waktu untuk ke instansi tersebut.