Dado que la incidencia de la roya amarilla en trigo afecta la calidad física del grano, así como el de la harina y masa. El objetivo de ésta investigación fue evaluar el efecto de la roya amarilla en la calidad física del grano y de la masa en función de la presencia y ausencia de la enfermedad en genotipos de trigo harinero. Los genotipos se sembraron bajo temporal en un diseño experimental de bloques al azar con dos repeticiones en un arreglo de parcelas divididas, en la parcela grande estuvieron los tratamientos con y sin fungicida y en las chicas las variedades. La incidencia de roya amarilla fue natural y el fungicida utilizado fue Folicur®. En campo se estimó el porcentaje de incidencia de roya amarilla y en el laboratorio la calidad física evaluó: el porcentaje de granos llenos y chupados, su largo y ancho, el peso de mil granos, peso hectolítrico, así como dureza de grano, rendimiento harinero, proteína en harina, volumen de sedimentación y tiempo de amasado. Se realizó un análisis de varianza y correlaciones de Pearson y las medias se compararon con la prueba de Tukey. La roya amarilla disminuyó la calidad física del grano y el rendimiento harinero. Los genotipos con incidencia menores al 20 % de roya con y sin la aplicación del fungicida presentaron menores pérdidas en porcentaje de granos llenos, peso de mil granos, peso hectolítrico y rendimiento harinero. Mientras que en la mayoría de los genotipos el contenido de proteína en harina y las variables evaluadas en la masa no mostraron diferencias con y sin la presencia de la enfermedad. Por lo que el uso de genotipos tolerantes a la roya amarilla se relacionó con una mayor calidad física del grano, pero no con la de harina y masa.