ResumenEl estudio de la enfermedad mínima residual (EMR), en distintas neoplasias infantiles, ha ido adquiriendo en los últimos años una importancia trascendental en la detección y seguimiento de pacientes con mayor probabilidad de recaída y como consecuencia, un mal pronóstico a largo plazo. Existen diferentes técnicas de estudio para determinar y cuantificar la EMR, según el tipo de neoplasia: la citometria de flujo, la inmunocitología y técnicas moleculares como la hibridación in situ con fluorescencia (FISH) y la transcripción inversa acoplada a la reacción en cadena de la polimerasa (RTPCR). En este artículo se repasan las diferentes técnicas utilizadas en busca de EMR durante y/o tras finalizar el tratamiento en leucemias agudas infantiles, neuroblastomas, rabdomiosarcomas y tumores de la familia del sarcoma de Ewing, así como su utilidad como factor pronóstico.