Durante la última década en el norte de México se ha incrementado el interés por el estudio de las enfermedades zoonóticas como son la anaplasmosis y la ehrlichiosis canina, las cuales son transmitidas por garrapatas tanto a perros como a humanos. La investigación tuvo como objetivo evaluar la presencia de Ehrlichia spp. y A. phagocytophilum en perros y garrapatas de Ciudad Juárez, Chihuahua. Utilizando la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) se determinó una prevalencia de 40% y 66% para Ehrlichia spp., del 27% y 13% para A. phagocytophilum en muestras sanguínea de perros y en grupos de Rhipicephalus sanguineus respectivamente. En el 23% de los perros y el 11% de los grupos de garrapatas existió coinfección de ambos patógenos. El valor máximo de la tasa de infección fue de 267.10 considerando ambos patógenos. De acuerdo al análisis de secuenciación Rh. sanguineus fue clasificada como de linaje templado. Los resultados permiten suponer que existe una infestación generalizada de Rh. sanguineus en la población de estudio y que los patógenos asociados a la garrapata están circulando con una prevalencia de moderada a alta, poniendo en riesgo potencial a los habitantes de esta ciudad transfronteriza.