<p>Se analizó la diversidad genética del patógeno del café <em>Hemileia vastatrix</em>, a través de secuenciación de los espaciadores internos transcribibles del ADN ribosomal (ITS). El análisis se realizó en muestras de roya de 12 predios de dos zonas cafetaleras del Perú, Quillabamba (Cusco) y Villa Rica (Pasco). Se hallaron los índices de diversidad haplotípica y nucleotídica. Además, se determinaron las semejanzas entre las poblaciones analizadas por medio de una red de haplotipos. Del análisis, se determinó que ambas regiones productoras presentan valores altos de diversidad genética; sin embargo, la zona de Quillabamba albergó la mayor diversidad haplotípica de <em>H. vastatrix</em> (Hd = 0.977 +/- 0.012). Asimismo, la red de haplotipos permitió evidenciar la estructura de las poblaciones de <em>H. vastatrix</em> para cada zona, las que juntas se comportan como una gran población indiferenciada con presencia de haplotipos ancestrales a partir de los cuales se fueron generando nuevas variantes del hongo. También, se analizaron las secuencias de la región ITS de <em>H. vastatrix</em> peruanas y las almacenadas en el GenBank, no encontrándose distribución de las poblaciones por región geográfica; además, se determinó que las poblaciones de <em>H. vastatrix</em> peruanas presentan haplotipos similares a los de Colombia y a las razas II y XXII.</p>