Ceratocystis fimbriata é o fungo causador de murcha em uma ampla gama de hospedeiros. O fungo se desenvolve pelo sistema vascular e é autóctone do solo, de modo que a busca por genótipos resistentes é uma das poucas estratégias de controle viável. Assim, o objetivo desta pesquisa foi estudar o comportamento de espécies do gênero Eucalyptus após inoculação de dois isolados de C. fimbriata. O experimento foi realizado em delineamento inteiramente casualizado (DIC), em esquema fatorial (hospedeiros x isolados). A avaliação da severidade da doença foi feita a partir da medida da extensão das lesões no caule em mudas de três espécies de Eucalyptus aos 190 dias de idade, após 40 dias da inoculação. Dentro de cada espécie, seis indivíduos foram classificados em subgrupos quanto ao nível de severidade e avaliadas para oito marcadores ISSR. Apenas Eucalyptus nitens diferiu estatisticamente quanto à severidade observada em relação às demais espécies. Em todas as espécies, os isolados foram capazes de causar doença, quando comparadas plantas inoculadas e plantas controle. Observou-se um índice de fixação maior dentro de subgrupos (0,26) quando comparado ao das espécies (0,15), indicando uma maior diversidade genética dentro das espécies avaliadas. Os marcadores utilizados conseguiram diferenciar plantas que apresentaram diferentes graus de resistência, mostrando que a seleção assistida por marcadores moleculares pode ser uma alternativa viável para o melhorista.

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