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Encefalocele foi a menos freqüente e não mostrou diferença na prevalência entre os períodos. Análise estratificada segundo características maternas e infantis mostrou associação estatisticamente significativa de DTN com idade materna no período antes da fortificação e com escolaridade materna, número de consultas de pré-natal e duração da gestação em ambos os períodos. As variáveis do recém-nascido que se associaram estatisticamente com DTN foram sexo no período antes da fortificação e peso ao nascer em ambos os períodos. A análise estratificada da prevalência de DTN mostrou redução significativa após a fortificação para mulheres de todas as faixas etárias (exceto para <15 anos), para aquelas com mais de três anos de estudo, com ou sem companheiro, com sete consultas de pré-natal ou mais e menos de 42 semanas de gestação. Em relação às características do recém-nascido, a análise apontou redução significativa para ambos os sexos, para nascidos com menos de 4000g e todas as raça/cor (exceto preta e outros). Conclusões: O estudo mostrou redução significativa na prevalência total de DTN no Estado de São Paulo após a fortificação das farinhas com ácido fólico e também nas prevalências de anencefalia e espinha bífida. Embora tenha que se considerar que outros fatores possam ter contribuído para esse declínio, os resultados reiteram a importância da fortificação das farinhas como medida de prevenção primária na redução da ocorrência de DTN. -10). Evaluated the prevalence of NTDs second period (before / after-fortification), and maternal characteristics of the newborn. Odds Ratio (OR) and confidence intervals (95%) were used for data analysis, conducted in the software R. Was used the chisquare test with a confidence level of 5%. Results: The total prevalence of NTDs decreased significantly during the study period, from 0,57 per thousand live births before fortification to 0,37 for a thousand live births after fortification (OR:0,65; IC95%: 0,59-0,72). Both spina bifida (OR:0,52; IC95%: 0,45-0,59) and anencephaly (OR:0,79; IC95%: 0,67-0,92) were less prevalent in the period after fortification. Encephalocele was less frequent and showed no difference in prevalence between periods. Analysis stratified by maternal characteristics and infant showed a statistically significant association of NTDs with maternal age in the period before fortification and maternal education, number of prenatal visits and duration of pregnancy in both periods. The variables of the newborn that is statistically associated with NTDs were sex in the period before fortification and birth weight in both periods. The stratified analysis of the prevalence of NTDs showed a significant decrease after fortification for women of all ages (except for <15 years) for those with more than three years of study, with or without a partner, with seven prenatal consultations or more and less than 42 weeks of gestation. In relation to the characteristics of the newborn, the analysis showed a significant reduction for both sexes, born to less than 4000g and all rac...