En los últimos años, los Vehículos Aéreos No Tripulados (VANTs) han adquirido diversas aplicaciones en la ingeniería civil, entre ellas la inspección de infraestructuras. El objetivo del presente artículo es comparar los ortomosaicos obtenidos en los programas Pix4Dmapper y Agisoft Photoscan, considerando los aspectos técnicos y el error en la detección de defectos en pavimento flexible. La metodología se desarrolló en tres etapas: selección de un tramo vial con deterioro, identificando seis defectos; toma de datos en campo y de forma digital (VANT), para este último se consideró un horario (10 a.m.) y tres alturas (20, 30 y 40 m), y procesamiento digital de las imágenes en ambos programas. Los resultados muestran que la calidad de los ortomosaicos generados es semejante y, en la detección de errores, se reporta que no existe diferencias estadísticamente significativas entre las medias. Si bien ambos programas proporcionan resultados similares y permiten la detección de defectos en pavimento flexible, el programa Pix4Dmapper es más eficiente en tiempo de procesamiento y tamaño de archivo.