A geometric morphometrics approach was applied to evaluate differences in forewing patterns of the Jandaira bee (Melipona subnitida Ducke). For this, we studied the presence of fluctuating asymmetry (FA) in forewing shape and size of colonies kept in either rational hive boxes or natural tree trunks. We detected significant FA for wing size as well as wing shape independent of the type of housing (rational box or tree trunks), indicating the overall presence of stress during the development of the studied specimens. FA was also significant (p < 0.01) between rational boxes, possibly related to the use of various models of rational boxes used for keeping stingless bees. In addition, a Principal Component Analysis indicated morphometric variation between bee colonies kept in either rational hive boxes or in tree trunks, that may be related to the different origins of the bees: tree trunk colonies were relocated natural colonies while rational box colonies originated from multiplying other colonies. We conclude that adequate measures should be taken to reduce the amount of stress during bee handling by using standard models of rational boxes that cause the least disruption.Keywords: beekeeping, geometric morphometrics, shape, wing, bee handling.Diferenças morfométricas e assimetria flutuante em Melipona subnitida Ducke 1910 (Hymenoptera: Apidae) em diferentes tipos de habitação Resumo A abordagem da morfometria geométrica foi aplicada para avaliar as diferenças nos padrões das asas anteriores da abelha Jandaíra (Melipona subnitida Ducke). Para isso, estudou-se a presença de assimetria flutuante (AF) na forma das asas anteriores e tamanho das colônias mantidas tanto em caixas de colméia racional ou troncos de árvores naturais. Foi detectado AF significativa para o tamanho da asa, bem como a forma da asa independente do tipo de habitação (caixa racional ou cortiço), indicando a presença global de estresse durante o desenvolvimento dos espécimes estudados. AF também foi significativa (p < 0,01) entre as caixas racionais, possivelmente relacionados com a utilização de vários modelos de caixas racionais utilizados para a conservação de abelhas sem ferrão. Além disso, a Análise de Componentes Principais indicou variações morfométricas entre as colônias de abelhas mantidos em caixas racionais ou em cortiços, que podem estar relacionados com as diferentes origens das abelhas: os cortiços foram colônias naturais realocados, enquanto as colônias das caixas racionais foram originadas da multiplicação outras colônias. Conclui-se que devem ser tomadas medidas adequadas para reduzir a quantidade de estresse durante o manuseio abelha usando modelos padrão de caixas racionais que causam a menor perturbação.Palavras-chave: meliponicultor, morfometria geométrica, forma, asa, manejo.