Tal como outros aquíferos costeiros, o Sistema Aquífero da Mexilhoeira Grande - Portimão (Algarve), está sob a ameaça da intrusão salina. Analisou-se a evolução nos últimos 30 anos dos níveis piezométricos, do balanço hídrico, de alguns indicadores da qualidade da água e dos usos do solo. Conclui-se que a salinidade devida à intrusão salina e/ou à presença de diapiros está confinada a zonas restritas e que, desde que devidamente monitorizado, este aquífero pode contribuir para a implementação de novos projetos agrícolas importantes para a economia da região.