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La ictiofauna amazónica es muy importante para el desarrollo comercial de la Amazonia Peruana, siendo la carne de pescado, la principal fuente de proteína animal consumida por el poblador amazónico. A pesar de la alta demanda de pescado en los mercados de la ciudad, poco se conoce acerca de los parásitos presentes en su carne, existiendo un riesgo potencial para contraer algún parásito zoonótico. En tal sentido, el presente estudio tuvo como objetivo identificar a endoparásitos en peces de consumo comercializados en mercados de la ciudad de Iquitos, reportando la presencia de especies zoonóticas parasitando órganos internos y la musculatura de los peces. Muestras de peces fueron adquiridas de los mercados “Modelo”, “Secada”, “Cardozo” y “Belén” localizadas en la ciudad de Iquitos, Loreto, Perú. En total fueron analizadas 29 especies de peces, examinando los órganos internos, cavidad y musculatura. Los resultados obtenidos permitieron la identificación de 15 géneros y 22 especies parasitarias (ocho tremátodos, cuatro céstodos, dos acantocéfalos, 22 nemátodos y un pentastómido). Los parásitos zoonóticos registrados fueron: Clinostomum marginatum e Ithyoclinostomum dimorphum (Trematoda), Anisakis sp., Contracaecum sp., Hysterothylacium sp., Terranova sp., Pseudoterranova sp., Eustrongylides sp. (Nematoda) y Sebekia sp. (Pentastomida). Estos parásitos representan riesgos latentes a la salud del consumidor de ser ingeridos de forma accidental en preparaciones culinarias que utilizan la carne de pescadocruda o mal cocida como forma de preparación.