Estudos fenológicos podem servir de subsídio para ações de colheita de sementes e recuperação de áreas degradadas, contribuindo para a conservação das espécies florestais. Este trabalho teve como objetivo conhecer a época de floração e frutificação de 21 espécies arbóreas nativas em área fragmentada de Mata Atlântica em Itaboraí, RJ. Foram acompanhadas mensalmente 91 matrizes, no período de janeiro a dezembro de 2011. A maior parte das espécies floresceu no final da estação seca e início da chuvosa, tendo sido observada correlação moderada e negativa entre floração e fotoperíodo. Observaram-se dois picos de frutificação: de março a abril para as espécies zoocóricas, e de setembro a outubro para espécies não zoocóricas, com correlação positiva entre precipitação e frutificação de espécies zoocóricas. Foi alta a incidência de patógenos nos frutos, comprometendo a produção de sementes de Machaerium hirtum, Melanoxylon brauna, Machaerium brasiliense e Psidium guineense. Outras espécies apresentaram baixa produção de frutos, como Andira sp., Swartzia oblata, Guarea guidonea e Enterolobium glaziovii. A sincronia de floração e frutificação entre as matrizes foi baixa para a maioria das espécies. A falta de trabalhos de fenologia para a maioria das espécies estudadas (52%) reforça a necessidade de pesquisa para a região de estudo