El objetivo de la investigación fue determinar las diferencias de la percepción de la educación e-learning de los estudiantes de dos universidades en tiempos de la Covid-19. La metodología se trabajó bajo un enfoque cuantitativo, no experimental-transversal, descriptivo-comparativo; se aplicó un cuestionario mediante una encuesta virtual a 200 estudiantes de una universidad pública y privada; el instrumento fue validado por Roig et al. (2015). Los 32 ítems midieron las siguientes dimensiones: la calidad en la comunicación y elementos multimedia; la coherencia curricular y adaptación al usuario y la planificación didáctica. La resultante evidenció que, existe diferencias en la percepción de la educación e-learning de los estudiantes de dos universidades, lo cual responde a que la aplicación de esta modalidad de enseñanza e-learning ha presentado diferencias en el desarrollo y calidad de las clases, presentándose un mejor nivel en la universidad privada lo cual comprueba el objetivo de estudio y es corroborado por el análisis descriptivo. Se concluyó que, esta nueva modalidad e-learning ha sido un mayor desafío para los estudiantes de la universidad pública esto debido al poco avance y uso de plataformas virtuales, lo cual abre un precedente de nuevos retos que deberá afrontar la educación superior.