En la península de Yucatán, México, el sistema milpa involucra una interacción de siembra de dos o tres especies de plantas principales como el maíz (Zea mays), el frijol (Phaseolus vulgaris) y la calabaza (Cucurbita argyrosperma o C. moschata). Sin embargo, en algunas regiones solo se cultiva maíz y C. moschata. Esta calabaza puede mostrar formas, tamaños y colores diversos en una sola plantación, debido a que los productores siembran distintos cultivares de la misma especie. Esta especie se consume fresca, como verdura, y las semillas de la fruta seca se usan en platillos regionales y dulces. El objetivo de este estudio fue caracterizar la morfología y la composición mineral de la calabaza. La hipótesis fue que las variantes de calabaza C. moschata cultivadas presentan variación morfológica, la cual está presente en el contenido de los minerales en semillas y en el fruto. Para este estudio se recolectaron seis variantes de calabaza cultivadas en dos parcelas de Conkal, Yucatán, México. Las evaluaciones incluyeron las características morfológicas de la fruta y la composición mineral en semillas, pericarpio y mesocarpio, mediante análisis μ-XRF. Las variantes de C. moschata presentan morfología diferente (semillas y frutos). El contenido de minerales en semillas y fruta (pericarpio y mesocarpio) presentó diferencias significativas entre las variantes. La variante CA4 presentó contenido alto de P, K, Mg, Fe, Cu, Mn y Zn. Variantes se identificaron con características sobresalientes en semillas y característica de los frutos (tamaño, forma, y grosor de la pulpa). El contenido de minerales mostró diferencias entre las variantes de calabazas C. moschata cultivadas en las dos parcelas de Conkal.