La educación científica contemporánea acentúa su quehacer en el diálogo entre el aprendizaje de la ciencia, su naturaleza y la práctica científica, situada en los nuevos desafíos de la innovación científica y tecnológica; así como la comprensión pública de la ciencia que a partir de la participación ciudadana en la toma de decisiones, integra razones técnico-científicas en la compleja organización social. En este artículo de investigación se muestran los resultados del rol que ocupan las habilidades científicas en la enseñanza de las ciencias, desde un análisis descriptivo que compara las percepciones de profesores de enseñanza básica y media, en torno al sentido formativo, las condiciones metodológicas y procedimentales, clasificación, organización curricular y proceso de evaluación de las habilidades científicas. Con esto, se pretende contribuir a caracterizar el rol que pueden ocupar las habilidades científicas en la escuela, superando la lectura instrumental que regularmente se hace en el trabajo de aula, un sesgo epistemológico que puede llegar incluso a ‘vaciar’ de sentido el quehacer científico separándolo de un contexto, una pregunta y una necesidad.