El análisis de comunidades fitoplanctónicas utilizando el enfoque de grupos funcionales (GF), es empleado para predecir la respuesta de la composición de especies fitoplanctónicas a la variación de las condiciones ambientales. El objetivo de este estudio fue evaluar por primera vez bajo condiciones de trópico americano la dinámica de los grupos funcionales de fitoplancton asociados a un sistema de laguna algal de alta tasa fotosintética (LALAT), empleada para la biorremediación de lixiviados de rellenos sanitarios, utilizando la propuesta de grupos funcionales basada en la morfología (MBFG).  Se tomaron muestras de agua para análisis biológico y fisicoquímico durante siete meses. Adicionalmente, se calculó el biovolumen del fitoplancton y se realizó un análisis de correlación canónica para explicar la relación entre las variables físicoquímicas y los grupos funcionales. La LALAT trató un lixiviado de edad intermedia caracterizado por altas concentraciones de nutrientes. Se identificaron cuatro MBFG (IV, V, VI y VII). El grupo V, conformado por fitoflagelados, fue dominante durante todo el periodo de estudio. Este grupo  puede sobrevivir y proliferar en ambientes con altas concentraciones de materia orgánica. Además, contribuye a la transformación de los contaminantes presentes en el lixiviado. El aumento del biovolumen de los grupos V y VII se relacionó con los periodos en los cuales la laguna presentó los menores valores de carbono orgánico disuelto. Finalmente, se encontró que el enfoque de los MBGF puede ser útil para comprender la dinámica de la comunidad de fitoplancton en la LALAT utilizado para el tratamiento de lixiviados en rellenos sanitarios.